Очень сложный вопрос. Тут все зависит от Ваших представлений об отдыхе. Тем более, что мои знания ограничены, а подход – крайне субъективен.
Тем не менее, попробую рекомендовать. :-)
Если Вы любите архитектурные памятники и города, то я рекомендовал бы в первую очередь посетить Берн, Базель, Люцерн, Санкт-Галлен, Фрайбург (Фрибур), Цюрих и (возможно) Женеву. Интересна экскурсия "по следам Каролингов" в Мюстайр.
Если же Вы больше любите природу, то предпочтительнее Бернские Альпы (Berner Oberland) и Энгадин (кантон Граубюнден). Обязательно посетите долину Лаутербруннен (водопад Трюммельбах, деревеньку Мюррен и окрестности). А также окрестности озера Бриенц (водопад Гиссбах, музей архитектуры Балленберг).
Замечательные виды на Бернские Альпы открываются с перевала Юнгфрауйох и с вершины Шилтхорн. Также неплохо бы побывать в Гриндельвальде, Венгене и (возможно) Майрингене (это все вокруг Интерлакена).
Если будете в Люцерне, то рекомендую подняться на гору Пилатус и поплавать на пароходике по Озеру четырёх кантонов. Также в Люцерне очень интересный музей транспорта.
Рейнский водопад и крепость Мунот в Шафхаузене также рекомендую посетить в любом варианте.
Стоит ли во время первой поездки в Швейцарию ехать в Женеву? Этот вопрос очень непростой для меня. Всё-таки, Женева (как и Цюрих) – это крупный город. Поэтому, если Вы, например, устали от Москвы, то я не уверен, понравится ли вам Женева (лично мне не нравится). Но в окрестностях Женевского озера находится множество интересных мест (красивейшая засаженная цветами набережная в Монтрё, Шильонский замок и т.п.). Так что выбор за Вами. ;-)